该山最干燥的地区，年降水量在山麓不足五十公釐，在高海拔区约为一百多公釐；在帕米尔和西藏诸山附近，年降水量增加到四百五十七公釐，在山（与北部平原交界的山）的低层，七月平均气温是二十五到二十八度，在一月不低于零下九度，然而在山的上部和西藏边界，七月平均温度低于十度，在冬季则常降至零下三十五度或更低。
昆仑山北坡属暖温带塔里木荒漠和柴达木荒漠，降水量小，随着海拔的增高，暖温带荒漠过渡为高山荒漠，降水量随之增加，雪线在海拔五千六百米至五千九百米，雪线以上为终年不化的冰川，冰川面积达到三千平方公里以上，是中国的大冰川区之一，冰川融水是中国几条主要大河的源头，包括长江、黄河、澜沧江（湄公河）、怒江（萨尔温江）和塔里木河。
昆仑山区有一百多种高等植物，但一般都是低矮的灌木类，野生动物都是高原特有的如藏羚羊、野牦牛、野驴等，新疆和田的昆仑山麓出产最高质量的美玉，从古代起就是中原地区玉石的主要来源，因此《千字文》提到“玉出昆岗”。
整座山遍布着沙漠或至多可以名之为草原的地方的状况制约植被的发展，许多地区有岩石沙漠构成，偶见的死水塘为诸如藏羚羊和藏岩羚羊以及大群野驴（骞驴）和成群的野牦牛等数种野生有蹄动物提供水草，在较为潮润的西部山脉，大角野羊在高处的草原吃草，青绵羊、拉达克东方盘羊及高地山羊零星分布于整个西部山区上部的岩石上，水道附近的柳丛常有棕熊，狼为当地特有，但雪豹就为罕见，许多候水鸟在季节迁徙中常出没此处的湖泊。
尽管气候和地形条件极端，昆仑山及毗邻地区还是养育着常住及流动人口，北坡上有来自绿洲的维吾尔人，偶有蒙古人，藏北的南部，西藏游牧民已经占用大片从前被放弃的草原牧场，从敦煌至拉萨的铺设公路为青海居民区服务，从柴达木盆地狂风肆虐的沙滩崛起的现代城市格尔木，是一个铁路终点，从塔里木盆地绿洲而来的其他数条主要公路穿越昆仑丛山，卡车将蔬菜、建筑材料、汽油和杂货运至最僻远的居民区，并将诸如石油、纯碱和煤炭一类原料从产地运往附近城镇。
昆仑泉位于昆仑河北岸着名的小镇纳赤台正中，海拔三千七百米，是一泓优良的天然矿泉，被视为昆仑奇观，纳赤喷泉，一大一小，相距五十米，大泉在青藏公路路边，泉眼周围用块石砌成外圆内八角形、高一米的泉台，泉口直径一点六米，泉眼水深一米，旁边有一出口，昆仑泉泉水很旺，日夜不停地向外喷涌，不时翻起层层小浪花，并发出响声，全年水温恒定为二十度，泉池四周由花岗石板砌成的多边形图桉，中央一股清泉从池地蓦然喷涌而出，形成一个晶莹透明的蘑菰状，将无数片碧玉般的花瓣抛向四周，似一朵盛开的莲花，又似无声四溅的碎玉落入一泓清池，然后奔向滔滔的昆仑河。
至今在纳赤喷泉还流传着当年文成公主进藏时在此歇息的传说，相传文成公主远嫁吐蕃时，随身抬了一尊巨大的释迦牟尼佛像，当公主一行来到昆仑山下的纳赤台时，由于山高路遥，人马累得精疲力竭，于是，公主命令大队人马就地歇息，当夜做饭时，才发现附近没有水，大家只好啃完干粮，和衣而睡，第二天早上，人们醒来时，发现昨晚放释迦佛像的山头被压成了一块平台，离平台不远的地方，一眼晶莹的泉水喷涌而出，淙淙流淌，人们一下子明白，这是释迦佛把山中的泉水压了出来，虔诚信佛的公主为了表达对佛祖的敬意，把自己身上的一串珍珠抛在泉眼里，泉水变得更加清凉甘甜，由此人们把纳赤台称为“佛台”，把昆仑泉称之为“珍珠泉”，还有一个传说是创造神凡摩赴昆仑山瑶池之畔的西王母寿宴后归途中，饮兴未艾，信手把樽畅饮西王母馈赠的瑶池琼浆，金樽掷地，琼浆四溢，其乘坐的莲花神龛化为赤台群山，溢出琼浆化为昆仑泉，昆仑泉是昆仑山中最大的不冻泉，泉水是昆仑山冰雪融化后渗入地下流动喷涌出来的，不仅澄澈清冽，晶莹透明，甘甜醇美，洁净卫生，加上这里海拔高，没有污染，被誉为“冰山甘露”，该泉水属低矿化度重碳酸氯化物、钙镁型矿泉水，它喷出地层前，在地下蕴藏潜流达二十余年，从周围环境中溶解锶，钙、钾、碳酸氢根等对人体健康有益的化学元素，其中锶含量达零点七毫克升，对治疗高血压、心脏病、动脉硬化等疾病有较好的疗效，为优质、天然饮用矿泉水，现建有昆仑泉亭，亭内立有昆仑泉碑，是世界屋嵴汽车探险线的必经之地，昆仑山道教圣境寻祖游的重要景点之一。
昆仑山口地处昆仑山中段，格尔木市区南一百六十公里处，海拔四千七百七十而米，相对高度八十到一百米，亦称“昆仑山垭口”，是青海、甘肃两省通往西藏的必经之地，也是青藏公路上的一大关隘，昆仑山口地势高耸，气候寒冷潮湿，空气稀薄，生态环境独特，自然景象壮观，这里群山连绵起伏，雪峰突兀林立，草原草甸广袤，尤其令人感到奇特的是，这里到处是突兀嶙峋的冰丘和变幻莫测的冰锥，以及终年不化的高原冻土层，冰丘有的高几米，有的高十几米，冰丘下面是永不枯竭的涓涓潜流，一旦冰层揭开，地下水常常喷涌而出，形成喷泉，而冰锥有的高一二米，有的高七八米，这种冰锥不断生长，不断爆裂，爆烈时，有的喷浆高达二三十米，并发出巨大的响声，昆仑山口的大片高原冻土层，虽终年不化，但冻土层表面的草甸上却生长着青青的牧草。每到盛夏季节，草丛中盛开着各种鲜艳夺目的野花，煞是好看。
昆仑山山口是青藏公路穿越昆仑山脉的必经之地，咽喉之所，是世界屋嵴汽车探险线的必经之地，昆仑六月雪观光的重要景点，许多过往行人来到这里后，都要在此驻足观赏一番。一九五六年四月，陈毅副总理在前往西藏途中路过昆仑山时，激情满怀，诗兴大发，当即写了一首《昆仑山颂》，诗中写道，峰外多峰峰不存，岭外有岭岭难寻，地大势高无险阻，到处川原一线平，目极雪线连天际，望中牛马漫逡巡，漠漠荒野人迹少，间有水草便是客，粒粒砂石是何物，辨别留待勘探群。我车日行三百里，七天驰骋不曾停，昆仑魄力何伟大，不以丘壑博盛名，驱遣江河东入海，控制五岳断山横。
昆仑山口标记碑分为主碑、副碑、陪碑、凋塑、底盘五部分，材质为汉白玉。主碑高四点七六七米，是昆仑山口海拔高度的千分之一，碑底座用花岗岩块石砌成九点六平方米基础，象征她屹立在祖国九百六十万平方公里的坚实土地上，昆仑山口碑南侧立有昆仑山口纪念碑及杰桑.索南达杰纪念碑，纪念这位为保护可可西里野生动物而捐躯的藏族优秀儿子。
离昆仑山口不远的东西两侧，海拔六千米以上的玉虚峰和玉仙峰亭亭玉立，终年银装素裹，云雾缭绕，形成闻名遐迩的昆仑六月雪奇观。玉虚峰，位于昆仑山口东面。这是一座海拔六千五百多米的雪山冰峰，峰顶高耸巍峨，山体通坡冻封雪裹，山腰白云缭绕，看上去犹如一位银装素裹，亭亭玉立的女子，昂然挺立在群山之上。玉虚峰相传为玉皇大帝的妹妹玉虚神女居住的地方，传说当年玉皇大帝见昆仑山雄伟高大，气势轩昂，景象万千，且离天庭很近，便在昆仑山顶修建了一座轩辕行宫，玉帝的妹妹玉虚得知后，很不服气，说玉帝霸占的地方太多了，不仅占了天上，还要把地上的好地方也据为已有。玉帝没有办法，只好把其中的一座山峰让给了玉虚，玉虚便在这座山峰上为自己修筑一座冰清玉洁、俏丽奇美的行宫，而且经常带着众姐妹到此游玩，所以，这座山峰就叫玉虚峰。
昆仑桥又称一步天险桥，位于格尔木南部的昆仑山下，距格尔木市约五十公里，是青藏公路上的一大险关，昆仑桥飞架于一步天险之上，全长只有四米多，是一钢筋水泥大桥，昆仑桥之壮观不在大桥本身，而在于桥下的飞岩绝壁和万丈深涧，发源于昆仑山中的由雪水和泉水汇合而成的格尔木河，从海拔四千多米的高山峡谷奔流而下，滔滔的河水将河谷的千板岩长期冲刷穿凿成了一条深四十多米、宽数米的石峡险谷，其中最窄处只有四米左右，昆仑桥两岸，绝壁相对，怪岩嶙峋，谷顶平坦，谷底幽深，形势极为险峻。人们站在桥上俯身鸟瞰，但见湍流不息的河水，在深邃险峻的幽谷中急湍喧泻，喷涌咆哮，不断地激起层层雪白的浪花，发出阵阵犹如雷鸣般的轰鸣，真是令人望之目眩，闻之丧胆。
